我的夫妻已经五年没有住在一起了，有两个孩子

您可以申请离婚并协商孩子抚养权。依据《中华人民共和国民法典》，双方需对子女抚养协商一致，经离婚冷静期后，可获得离婚证。如不及时处理，可能影响孩子成长及您的合法权益。
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可协议或诉讼离婚。协议离婚：双方到登记机关申请，协商抚养权等，等冷静期后领离婚证。诉讼离婚：向法院起诉，由法院裁决抚养权及财产分割。
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离婚常见处理方式为协议或诉讼。协议离婚需双方就抚养权、财产分割达成一致；诉讼离婚则由法院判决。建议首选协议，更快更和谐，若协商不成，再选择诉讼。